Το 9ο Γυμνάσιο Πειραιά ιδρύθηκε ως ΣΤ’ Γυμνάσιο, αφού αποσπάστηκε από το Ράλλειο το 1976.Το 1979, με την απόφαση ΦΕΚ 734ΤΒ 31-8-79 μετονομάστηκε σε 9ο  Γυμνάσιο Πειραιά. Στεγάστηκε για ένα διάστημα στο κτίριο της Σχολής ΑΡΧΙΜΗΔΗ στη 2ας Μεραρχίας. Φιλοξενήθηκε για λίγο στην Ιωνίδειο Σχολή μετά τους σεισμούς του 1981 και περισσότερο χρόνο στο 10ο  Γυμνάσιο στην Ελευθερίου Βενιζέλου. Το Σεπτέμβριο του 1988 απόκτησε δική του στέγη στο οικοδομικό τετράγωνο που περικλείεται από τις οδούς Σηραγγείου – Ουίλσωνος – Καρατζά και Κλεμανσό στην Καστέλα και μέχρι τον Αύγουστο του 2011 συστεγαζόταν με το 9ο Λύκειο Πειραιά.Το σχολείο κτίστηκε ακριβώς στο ίδιο σημείο όπου στην αρχαιότητα υπήρχε Ασκληπιείο, δηλαδή ιερό αφιερωμένο στον Ασκληπιό, θεό της Ιατρικής. Στα ερείπια αυτού του ιερού, το 1884 φτιάχτηκε το θέατρο του Αναστασίου Τσόχα, ο μετέπειτα γνωστός μας κινηματογράφος «Αελλώ».

Το 11ο Γυμνάσιο Πειραιά δημιουργήθηκε το 1977 και τότε του έδωσαν το όνομα «Β΄Μικτό Γυμνάσιο». Δύο χρόνια αργότερα  μετονομάσθηκε σε«11ο  Γυμνάσιο». Από την αρχή της δημιουργίας του και μέχρι το 2000 στεγαζόταν σε ένα πενταώροφο κτίριο στην οδό Κουντουριώτου 146 – 148, ενώ από το 2000  μεταφέρθηκε στην οδό Σηραγγείου 5, σ’ ένα νέο κτίριο που καλύπτει όλες τις μαθησιακές και παιδαγωγικές ανάγκες ενός σύγχρονου σχολείου.

Από 1ης Σεπτεμβρίου 2011, το 9ο  Γυμνάσιο Πειραιά  συγχωνεύτηκε  με το 11ο Γυμνάσιο Πειραιά. Το νέο σχολείο που δημιουργήθηκε ονομάστηκε 9ο Γυμνάσιο Πειραιά και έκτοτε στεγάζεται στο παλιό κτίριο του 11ου Γυμνασίου, στην οδό Σηραγγείου 5, στον Πειραιά, στην Ακτή Μουτσοπούλου.

Το κτίριο στο οποίο στεγάζεται πλέον το Νέο «9ο  Γυμνάσιο Πειραιά», είναι ένα κτίριο το οποίο καλύπτει όλες τις ανάγκες της σχολικής κοινότητας, καθώς διαθέτει υπερσύγχρονα εργαστήρια Πληροφορικής, Φυσικής – Χημείας και Τεχνολογίας, εξοπλισμένα με υπολογιστές, προβολείς και ό,τι χρειάζεται για τη σωστή διεξαγωγή των μαθημάτων, μεγάλη αίθουσα εκδηλώσεων, εσωτερική αυλή στην οποία δεν υπάρχει πρόσβαση από το εξωσχολικό περιβάλλον και βιβλιοθήκη με εκατοντάδες βιβλία, παιχνίδια και μουσική, η οποία λειτουργεί σε όλα τα διαλλείματα. Οι αίθουσες διδασκαλίας είναι μεγάλες και φωτεινές και πέντε από αυτές διαθέτουν διαδραστικούς πίνακες. Στο σχολείο υπάρχουν δύο ταρατσόκηποι, με πολλά μυρωδικά φυτά, αλλά και πολύχρωμα λουλούδια, τους οποίους φροντίζει η περιβαλλοντική μας ομάδα. Οι ταρατσόκηποι αποτελούν μια όαση δροσιάς και χρωμάτων για μαθητές και καθηγητές.

Τέλος, θα πρέπει να αναφέρουμε τη  φύλακα του σχολείου, η οποία επιβλέπει τόσο την είσοδο στο σχολικό χώρο, όσο και την έξοδο από αυτό, καθώς και το μόνιμο προσωπικό που φροντίζει για την καθαριότητα του χώρου.